漕运被劫后，林启龙对朝廷声称他要戴罪立功，赖在扬州不肯回淮安，与瓜州附近的明军对峙了两个月。这件事传出去后，山西、山东、河南的地方官都对林启龙喊打喊杀，认为必须要严惩不贷。不过两湖、两江的官府却都替林启龙说话，称愿意分摊责任，认为林启龙几次三番在明军的威胁下保证了漕运畅通，是个很了不起的能臣。
浙江方面也替林启龙说情，认为朝廷应该给这些没有功劳也有苦劳的臣子更多的机会，何况确实如湖广和两江所说，林启龙面对的战略形势实在是太险恶了，川陕方面起不到牵制的作用，让邓名一次次发起东征。要是不顾林启龙以前数次拼死掩护漕运安全的功劳，仅仅因为这一次失误就严惩他，未免太让功臣寒心了。
被浙江点名批评的四川居然也没有推卸责任，高明瞻代表奋战在渝城前线的全体将士替漕运总督求情。高明瞻称邓名是大清开国以来遇到的最危险的敌人，将士们豁出姓命和他苦战，依然败多胜少。林启龙手中无兵无将，居然四次中有三次挡住了川军，抢救出了漕运，如果罢免了林启龙，谁还敢来干这个差事呢，更不用说把他处死了！渝城前线的几万官兵罕见地发扬风格，表示他们认为浙江说得对，愿意和长江战线上的同仁们分担责任。
陕西方面则沉默不语，既没有和长江沿线一起支持林启龙，也没有和其他北方省份一样破口大骂，最后陕西方面还嘀咕了一声：林启龙救回过先帝的遗体，暗示他们更倾向于长江沿线的意见。
燕京方面也觉得现在确实不是追究林启龙的好时机，若是放在几年前，处置了也就处置了，但这几年先后有二十万清军被川军消灭，燕京的底气也不那么足了。而且这次接到警报后，燕京和山东都一致同意按兵不动，如果说贻误战机的话，燕京同样是有责任的。
而此时山东又爆发了新的争吵，遏必隆思来想去，觉得去长江边上追邓名的意义不大，虽然失去了漕运，但林启龙称明军久攻瓜州不克，士气已堕。如果明军连瓜州都拿不下的话，遏必隆觉得邓名也未必就能拿下江宁。清军主力去长江上与水师优势的明军作战确实有些风险，还不如经过河南攻击汉水流域，或是进入陕西再去四川，把邓名的老巢端掉。
不过杰书却受够了李国英对邓名水面优势的吹捧，一心要前去江南，痛痛快快地打上一仗。杰书和遏必隆两人询问李国英的时候，川陕总督却不肯支持任何一方的意见：先前是李国英说漕运丢失就意味着江南失控，但现在漕运真丢了，李国英还是鼓不起勇气，到江边和邓名决战，上次万县失利给他的教训太深刻了；至于遏必隆深入四川直捣成都的计划，李国英也哼哼哈哈地不想同意，但他又不敢说天下无敌的八旗到了四川也是没戏，所以就拼命强调辎重的运输问题。
见山东的清军不动，不知道他们葫芦里卖的什么药，邓名也没有轻率行动，唯恐自己前脚走清军后脚南下，一下子让东南变天。有人建议邓名用上次对付顺治的办法来对付杰书，那就是先行退兵，若是山东清军侵入江南，明军再回师。可上次顺治的兵力比较少，而且一出直隶就受到江南的密切关注，还没等禁旅八旗到达山东，江南官府就已经知道顺治的底细了。邓名全速返回扬州后，顺治距离山东南部的边境还远着呢；而现在清军已经在山东境内了，邓名要是退兵，就会失去以逸待劳的优势。
“现在湖广、两江肯购买我们的债券，就是因为他们内心里认为我们可以与清廷主力一战了，如果他们选择做我们的盟友的话，他们可以指望得到我们的保护。”虽然邓名认为这有让东南督抚占便宜的嫌疑，但最后还是下定决心和清军进行一场交战，如果取胜了，那整个南方的形势很可能就此扭转过来了。
“不需要大捷，只要小胜一仗就可以，向南方显示我军的力量，揭露清廷的软弱无能，”邓名对盟友和部下们说道：“只要我们能挡住杰书，迫使他回师就够了。从此以后，东南就不是清廷所有。”
下定决心后，邓名就派出大量细作收集清军的情报，准备和伏击顺治一样在扬州府周围选择一个地点伏击南征的清军——如果他们真的赶来江南的话。
最后起决定姓作用的还是燕京，见邓名迟迟不肯离开瓜州，就命令山东部队南征，不管以后怎么样，重新打通运河再说。这次漕运被劫后，燕京对周培公的剿邓能力感到更加不放心了，以前燕京认为东南就像是崇祯年的中国北方，每次遇到敌人主力只能坚守城池，然后尾随以限制对方的行动。
而燕京注意到邓名一直无力攻克任何一个大型城市，甚至对中小城市都没有什么办法，只有九江是个偶然现象。既然如此，燕京认为邓名的历次东征收获其实有限，毕竟洗劫农村的效率很低，不像城市财富那样集中。所以燕京认为，李国英声称川西明军从东征中获得了惊人的缴获有很严重的夸大，多半也是为了推卸责任——当年清军能够一次次满载而归，也是依靠清军有攻破城市的能力。
燕京本想若是邓名像往常一样退兵了，就让遏必隆带一万精兵到扬州去看看，掌握江南布防的第一手资料——反正都到了山东和江南的边境了，去一趟也不会费太多工夫。但邓名这次和以往不同，长期围困瓜州而不肯返回四川，燕京觉得还是需要趁现在解决问题，在冬天里配合两江部队把邓名赶回四川，就算损失再惨重，也总比把这个工作拖延到明年春耕时期强。
从七月底开始，清军的重心就不断向南方转移，到八月底的时候，山东清军的先头侦查部队已经抵达凤阳。
此时双方都非常的谨慎，满清的中央部队和川西明军即将第一次大规模正面交锋，杰书虽然口头上很狂妄，但内心里对此战也非常重视，压上了自己用来震慑骑墙派的名气。川西明军这边也是一样，尽管川军成军以来所向披靡，不过也没有和十万规模的满清中央军交战过，随着清军逼近的消息不断传来，各级军官也都显出了一些紧张情绪。
这时淮安有一种山雨欲来风满楼的气氛。自从发现山东清军开始南移后，明军就开始控制运河南段的漕工，最近半个月来没有从扬州来过一条船，官道上也罕见行人。坐镇扬州的漕运总督一个劲地给后方报平安。但如果真的平安的话，运河上不应该冷清成这个样子，有经验的胥吏都知道明军正在努力制造情报遮蔽网。既然明军能够封锁得这么严密，那就说明邓名所图不小，而且想制造这样的封锁也需要动员很多军队。
从八月中旬以来，上游的船只也都消失不见了，这意味着山东清军也征集了他们遇到的每一条船。当看到北面的官道上也变得空无一人后，淮安周围的不安感就更强烈了，那些家境富裕的人纷纷外逃，普通百姓也扶老携幼地躲避到周围去。现在是农闲时分，就是没有能力逃到他乡的人，也掩埋了自己的农具，藏身到远离运河、官道的地区去，免得遇到过路的明、清两军。
漕运总督衙门此时还有不少属官，留在这里的都不是核心人员，最亲信的那些人早就被林启龙召去扬州了。留下的人人虽然对林启龙的秘密不是很了解，但还是模模糊糊地看出来一些不妥之处。康亲王和辅政大臣很可能会经过此处，到时候肯定也要认真询问漕运的事情，不少人现在都在心里琢磨，到底是把宝压在林启龙身上，指望着他保住官位，继续效忠他保住自己的饭碗呢，还是反戈一击，把自己知道的那些可疑之处秘密报告给杰书和遏必隆呢？。
当然，这种密告也是很危险的，第一是没有什么真凭实据，第二就是清廷经常会为了安抚地方大员而给密告者定个诬告罪。比如当初广东巡按上奏，称尚可喜和耿继茂在广东横行霸道，朝廷觉得还需要藩王效力，就给汇报实情的巡按定了个诬告绞罪——现在留守在漕运总督衙门的官吏都是芝麻小官，如果朝廷觉得还需要借他们的人头安抚林启龙的话，那把告密者弄死连眼皮都不会眨一下。
驻扎此地的两江部队同样心情复杂，被夹在清廷中央军和明军之间的感觉非常不好，很多人都有朝不保夕的感觉。他们现在都盼望着某一方快点从淮安通过，无论是哪一边都好，这样淮安就可以成为安全的后方，不用像现在这样整天担心这里成为两军交战的主战场。
心情不好的河道官兵和两江军队就整天在周围排查细作，把来不及逃走的富户都当做明军的细作抓起来。现在这个节骨眼上，地方官不会替普通百姓打抱不平，他们肯定会无条件地站在军队一边。